Willard Stiles (Crispin Glover) es una persona que no encaja en la sociedad y que cuida de su madre enferma y frágil pero verbalmente abusiva, Henrietta (Jackie Burroughs), en una vieja mansión mohosa donde también hay una colonia de ratas en el sótano.
Willard es humillado constantemente delante de sus compañeros de trabajo por su jefe, el cruel Frank Martin (R. Lee Ermey), un hombre que tiene un interés personal en que Willard fracase en su trabajo, para su beneficio personal.
En poco tiempo Willard descubre que gracias Socrates y Big Ben el resto de las ratas han aprendido a obedecer su órdenes por lo que las entrena para ayudarlo y llevar a cabo pequeñas venganzas contra la gente que lo ha maltratado; sin embargo constantemente debe lidiar con el conflicto entre ambas ratas ya que mientras Socrates es pasivo y astuto, Big Ben es agresivo, impulsivo y celoso del afecto que Willard muestra por Socrates.
Todo cambia cuando el jefe de Willard encuentra a Socrates y lo mata por diversión.
Ante esto el joven decide cobrar venganza y usando cientos de ratas amaestradas y comenzando así una escalada de muerte y locura donde él mismo deberá intentar frenar a Big Ben y a sí mismo.