En 1898, regresó a Nueva York, donde recibió clases de Anton Dvorak y asumió un encargo para componer una opereta del tipo minstrel, llamada "Clorindy: The origin of the cake walk", que se convirtió en uno de los éxitos más importantes del teatro americano en Broadway.

Sin embargo, el gran éxito de su opereta anterior, le impulsó a escribir algunas más, entre 1902 y 1907.

En 1910, funda la "New York and Southern Syncopated Orchestra",[2]​ con la que actúa por todo el país y visita el Reino Unido, en 1919.

En esta visita, forma parte de la orquesta el saxofonista Sidney Bechet, entre otros.

Después, Cook se aleja de la escena musical, hasta su fallecimiento.