En 1579 trabajó como Badergeselle (ayudante de cirujano) en Düsseldorf con el cirujano de la corte Cosmas Slot.Entre 1615 y 1634 fue cirujano municipal de Berna (Suiza).Fabry es uno de los más importantes representantes de la iatromecánica, una idea del siglo XVI que propone la aplicación de la física (más concretamente la mecánica) y la matemática a la medicina.Su Observationum et Curationum Chirurgicarum Centuriae, publicado póstumamente en 1641, es la mejor colección de casos del siglo, y proporciona una gran variedad de métodos de cirugía.Se casó con Marie Colinet (también Fabry), una comadrona-cirujana suiza que perfeccionó la técnica de la cesárea e inventó un método para extraer metales incrustados en el globo ocular.
Busto en bronce de Wilhelm Fabry en el mercado de Hilden.
