Rápidamente se convirtió en una de las figuras del «equipo merengue», anotando 11 goles en 52 partidos.

Desde su primera aparición ha participado en más de 100 partidos internacionales con la «naranja mecánica» y ha marcado 30 goles.

Comenzó su carrera deportiva en el filial del DOS,[1]​ hoy en día FC Utrecht, equipo de su ciudad natal que llegó a ganar una Eredivisie en 1958.

Además, en esa misma temporada 2002/03, disputó su primer partido en la Liga de Campeones de la UEFA ante el Arsenal FC, que finalizó con empate a cero entrando en la recta final del partido en sustitución del sudafricano Steven Pienaar.

[4]​ En aquella campaña, jugó un papel más relevante en el equipo, disputando un total de 30 partidos y anotando 9 goles.

[6]​ En la temporada 2004/05 disputó 30 encuentros en los que anotó 7 goles, pero fueron segundos a 10 puntos del PSV Eindhoven.

En la temporada 2005/06 fueron cuartos en la liga a 24 puntos del líder, el PSV Eindhoven.

Mención especial mereció la temporada 2006/07, su última como ajaccied, donde el joven mediocentro firmó su mejor campaña, anotando 18 goles.

[11]​ En esa misma temporada logró su segunda Copa ante el AZ Alkmaar en la tanda de penaltis.

En la primera ronda derrotaron al IK Start y en la fase de grupos fueron segundos tras el RCD Español.

[17]​ En su primer año igualó su segundo mejor registro con el Ajax (nueve goles en treinta partidos), ayudando al Madrid a adjudicarse su trigésimo primer título de liga, segundo consecutivo del equipo madrileño por delante del Villarreal CF, al que sacó 8 puntos.

En la Copa del Rey disputó dos partidos, pero fueron eliminados en octavos de final ante el RCD Mallorca.

El 3 de agosto de 2008 sufrió una grave lesión en la rodilla izquierda tras recibir una dura entrada del jugador del mediocampista francés Abou Diaby durante la derrota del Real por 1-0 frente al equipo inglés Arsenal F. C. en un partido correspondiente a la Copa Emirates[18]​ En un principio se pensó que el internacional neerlandés se había lesionado el ligamento cruzado, por lo que debía perderse cerca de media temporada, pero los estudios que le realizaron posteriormente descartaron esa posibilidad, sólo se lesionó el ligamento lateral interno, por lo que sólo estaría fuera de los campos de juego alrededor de tres meses.

[20]​ En la temporada 2008/09 disputó 22 partidos, siendo titular en 18 de ellos, aunque sólo pudo anotar en dos ocasiones y su equipo fue segundo a 9 puntos del FC Barcelona.

[23]​ Sin embargo, tras el importante desembolso realizado en fichajes, a finales de agosto comenzaron los rumores sobre un eventual traspaso para amortizar la inversión, al igual que ocurrió con sus compatriotas Rafael van der Vaart y Arjen Robben.

[23]​ Reiteró en varias ocasiones su intención de permanecer en el Real Madrid pero la directiva del club decidió traspasarlo.

El jugador neerlandés dijo que fue tratado muy mal durante los últimos días, pero "me voy con la cabeza muy alta.

También se convirtió en el máximo asistente de la temporada en dicha competición y mejor centrocampista.

El 6 de diciembre se anunciaron los 3 finalistas del galardón: Iniesta, Xavi y Messi.

Tras conocerse el ganador del premio del 2010, la revista France Football dijo que Sneijder hubiera ganado el antiguo Balón de Oro, ya que los periodistas de todo el mundo de la revista habían elegido en primer lugar a Sneijder, segundo a Iniesta y tercero a Xavi.

[40]​ Durante los primeros quince partidos de la liga el entrenador del equipo fue Rafael Benítez, pero tras los resultados obtenidos en esta (séptimo clasificado) fue sustituido por Leonardo que consiguió situar al equipo en segundo lugar a 6 del AC Milán.

En la Copa de Italia no disputó ningún encuentro pero su equipo ganó la competición ante el Palermo por 3 goles a 1.

Se lesionó durante dos meses más en el muslo y comenzaron los rumores sobre un posible traspaso.

[46]​ Se convirtió en el octavo jugador más joven en representar a los Países Bajos.

En su siguiente partido en las clasificatorias para la Eurocopa 2004 marcó su primer gol ante Moldavia, en octubre de 2003.

[46]​ Disputó 12 partidos de clasificación para la Copa Mundial, anotó dos goles y dio una asistencia.

[53]​ Su quinto y último gol que anotó fue el 1-2 del partido de semifinales frente a Uruguay a la que ganaron por 2-3, clasificándose para la final del torneo.

[73]​ Rodney, seis años menor que Wesley, juega en las divisiones inferiores del propio Ajax, el propio internacional neerlandés le impidió ingresar en las filas de las categorías inferiores del Real Madrid, asegurando que «es aun muy joven y debe seguir creciendo en el equipo juvenil del Ajax».

[77]​ Finalmente se casó después del Mundial y la fiesta posterior duró tres días en el norte de Italia.