En 2002 Ncube fue uno de los tres diputados del MDC en ser acusados de alta traición por un presunto complot para asesinar a Robert Mugabe, pero al igual que los demás fue declarado no culpable.
El Consejo Nacional del MDC votó a favor de participar en las elecciones, el líder del MDC de Tsvangirai trató de expulsar a los candidatos seleccionados del partido y se suspendió a Ncube en espera de una audiencia disciplinaria en el congreso del MDC en febrero de 2006, pero fracasó porque no pudo hacerlo por la Constitución.
El presidente sudafricano, Thabo Mbeki, designado por la Comunidad de Desarrollo del África Meridional, presidió las negociaciones que buscaban poner fin a las sanciones económicas en Zimbabue.
[1] Ncube es fundamental en las negociaciones para el gobierno de unidad de Zimbabue y es un principal que representa el MDC.
En 2011, después de que su partido lo eligió para la presidencia, Robert Mugabe se negó a jurar como el Primer Ministro del Estado Adjunto según lo acordado en el Acuerdo Político Global.