Waterville es un municipio del condado de Pepin, Wisconsin, Estados Unidos.

[1]​ El municipio está ubicado en las coordenadas 44°38′5″N 92°2′50″O / 44.63472, -92.04722.

Según la Oficina del Censo de los Estados Unidos, tiene una superficie total de 93.6 km², de la cual 92.2 km² corresponden a tierra firme y 1.4 km² están cubiertos de agua.

[2]​ Según el censo de 2020, en ese momento había 829 personas residiendo en la zona.

Del total de la población, el 2.17 % eran hispanos o latinos de cualquier raza.