Walter Waterhouse era aborigen de Maitland, Nueva Gales del Sur, tercer hijo del educador John Waterhouse, y nieto de wesleyano ministro Jabez Waterhouse.

[1]​ Se educó en el Sydney Boys’ High School, donde su padre era director; y, más tarde, en la Hawkesbury Agricultural College donde obtuvo un diploma en 1907.

Se enlistó en la Segunda Guerra Mundial, siendo galardonado con la Cruz Militar.

En 1918, Waterhouse estudió en la Colegio Imperial de Ciencias y Tecnología, de Londres, donde obtuvo su diploma en 1921.

Desarrolló variedades de trigo que resistía royas.