En el año 2001, el conflicto entre la CDA del ACA y la ACTC favoreció el traspaso de Hernández a la escudería oficial Ford donde fue compañero del tricampeón Gabriel Ponce de León.
En el año 2002 anunció su regreso al TC, a bordo de un Ford Falcon.
En 2006 formó dupla para los 200 km con Lucas Armellini a bordo de un Chevrolet Astra del DTA Team y en 2007 formó dupla con el campeón de la categoría, Matías Rossi, a bordo del Chevrolet Astra del equipo oficial Chevrolet, arribando a la tercera colocación de esa carrera.
En el año 2009, Hernández inició una nueva etapa en su trayectoria deportiva, al ser contratado por Oreste Berta (hijo) para desempeñar el cargo de director deportivo del Ford YPF Berta Motorsport, cuyos pilotos actuales son Gabriel Ponce de León y Martín Basso, atendiendo los modelos Ford Focus de primera generación, con motor Berta TC 2000.
En paralelo a su actividad en el automovilismo, se desempeña al frente de su empresa familiar, que se desarrolla en torno al cultivo y la cosecha de papas.