[3]​ Considerada una artista innovadora[4]​ entre sus obras más célebres figuran Switched-On Bach (1968),[5]​ galardonada con tres Premios Grammy,[6]​ en la que reinterpretaba electrónicamente composiciones de Johann Sebastian Bach,[7]​ o las bandas sonoras para las películas The Clockwork Orange (1971)[8]​ y The Shining (1980),[9]​ dirigidas por Stanley Kubrick, y Tron (1982),[10]​ dirigida por Steven Lisberger.

Hacia 1966 Carlos conoció a Rachel Elkind, con quien forjó una relación profesional duradera.

Su primera aparición tras el cambio de sexo fue una entrevista en la revista Playboy (mayo de 1979),[13]​ una decisión de la que más tarde se arrepentiría debido al mal gusto y poca seriedad con que el autor tomó y manipuló deliberadamente detalles tan privados durante su transición y, por ende, la publicidad indeseada que atrajo sobre su vida privada.

Aunque se vendió bien no alcanzó el nivel casi legendario del álbum anterior.

Estos primeros álbumes fueron una fuente de inspiración crucial para el compositor japonés Isao Tomita,[18]​ quien más tarde grabaría sus propias interpretaciones de numerosos trabajos de compositores como Claude Debussy, Modest Músorgski, Ígor Stravinski, Gustav Holst, Maurice Ravel, Ferde Grofé y otros, interpretados con sintetizadores.

[19]​ En 1971 Wendy Carlos firmó la banda sonora de la película dirigida por Stanley Kubrick La naranja mecánica (A Clockwork Orange).

[20]​ En un principio Kubrick había pensado ligar el aspecto musical de la película al rock llevando a cabo contactos con The Rolling Stones para que encarnaran a algunos personajes de la trama y con Pink Floyd para componer la banda sonora, pero ambas bandas se rehusaron a participar.

Vale la pena señalar que los conciertos número 3, 4, 5 y el primer movimiento del 2 ya habían sido lanzados en discos anteriores, en tanto que los restantes, 1, 2 y 6, fueron expresamente completados para la colección.

La pieza del mismo nombre que le da el título al álbum es donde se puede apreciar el efecto de estas dos escalas, llamadas Alpha y Beta.

A principios del siglo XXI se remasterizó la mayor parte de su catálogo.

En 2005 se publicó el doble volumen Recovering Lost Scores (en castellano Recuperación de partituras perdidas), que contenía material previamente descatalogado (la banda sonora de El resplandor), la banda sonora nunca publicada de Woundings, y música grabada para las películas Tron y La naranja mecánica que nunca fue usada.