Kotoński estudió junto a Piotr Rytel y Tadeusz Szeligowski en la Escuela Superior de música, graduándose en 1951.
Esta tendencia culminó en 1959 con Musique en relief para seis grupos orquestales.
También trabajó en varios estudios de música electrónica en el extranjero, entre otros en Colonia, París, Friburgo y Berlín.
Desde los años 1974-1976, fue editor de música en jefe en la Polskie Radio y director musical en jefe de la radio polaca y la Telewizja Polska.
Entre sus alumnos se incluyen a Jacek Grudzien, Jarosław Kapuściński, Krzysztof Knittel, Konstancja Kochaniec, Stanislaw Krupowicz, Owen Leech, Hanna Kulenty, Pawel Mykietyn o Pawel Szymanski.