Huonder estudió en el Ateneo Pontificio San Anselmo y en la Universidad de Friburgo, obteniendo una licenciatura en teología.

Se convirtió en vicario general de Coira en 1998.

Su mandato resultó controvertido para algunos, ya que reafirmó la doctrina católica ortodoxa en términos fuertes e intransigentes.

[3]​[4]​ El Papa Francisco aceptó su renuncia el 20 de mayo de 2019.

[5]​ Huonder luego eligió retirarse a una casa de la Fraternidad Sacerdotal San Pío X, con autorización papal, donde pasó una vida tranquila y orante, celebrando la Misa Tridentina y trabajando por la tradición, que él veía como el único medio de restauración de la Iglesia.