Cada una de ellas tenía su propia ideología y cada grupo armado utilizó su poder para conseguir imponer sus demandas.

[17]​ En algunas ocasiones el Gobierno tuvo incluso que pagar a las milicias para que desbloquearan ciudades y enclaves petroleros,[18]​ e incluso se rumoreó la creación de una fuerza de élite para proteger al Primer Ministro.

Varias personas, entre ellas civiles y desertores del Ejército, formaron las denominadas kateebas (brigadas) para "liberar" el país.

Así, un numeroso grupo de brigadas se incorporó definitivamente al nuevo Ejército Libio.

Las fuerzas armadas recuperaron el control del aeropuerto y arrestaron a varios de los milicianos.

[32]​ Además, los manifestantes se hicieron con la comisaría en la que tenía su centro operativo la milicia Zalz y con el puesto de control que hombres armados de Ansar al Sharia mantenían en el Hospital Al Yalaa.

Paralelamente, el jefe del Estado Mayor del Ejército libio, general Yusef al Menguch, precisó que quienes estuvieran dispuestos a alistarse deberán hacerlo "a título personal, y no como grupo".

Además, advirtió que el Ejército estaba preparado para usar la fuerza contra quien no acatara la nueva normativa.

[39]​ A pesar de que las milicias eran un problema nacional, el Congreso General se enfrentaba a muchas dificultades políticas, y las nuevas fuerzas castrenses aún no eran capaces de proteger los aeropuertos y las fronteras del país.

Por ello las milicias seguían ejerciendo su influencia militar y política, lo que llegó a levantar incluso rumores (desmentidos por el Gobierno) sobre la creación de una fuerza de élite para proteger al presidente Alí Zeidan.

La milicia, lejos de abandonar su posición, permaneció atrincherada y abrió fuego contra los civiles dejando 31 muertos.

Aunque originalmente se pensó que la manifestación era una queja por la inactividad del Ejército frente a las milicias, algunos de los manifestantes eran violentos y dispararon y lanzaron una granada al edificio, provocando la muerte de varios soldados.

La inmunidad parlamentaria, así como la falta de autoridad y rivalidad dentro del Congreso, permitió que ambos permanecieran impunes.

La operación fue descubierta por las autoridades libias y el barco fue interceptado con la ayuda de los Estados Unidos, pero desembocó en una crisis política que hizo caer al Primer Ministro Alí Zeidan, el cual fue sustituido de manera interina por Abdullah al-Thani.

Los combates, los de mayor intensidad registrados desde su muerte, comenzaron cuando el general libio Jalifa Haftar lanzó la llamada "Operación Dignidad" contra los grupos yihadistas de Bengasi y el este del país, entre ellos Ansar al-Sharia, próximo a Al Qaeda.

Sin embargo, los diputados del anterior mandato (elegido en 2012), que eran en su mayoría de ideología islamista, se negaron a ceder sus cargos y se autoproclamaron como el gobierno legítimo, el Congreso General Nacional, al tiempo que se posicionaron a favor de las milicias islamistas de Misrata y Bengasi.

El conflicto alcanzó dimensiones internacionales cuando los Emiratos Árabes Unidos decidieron bombardear, con el beneplácito de Egipto, las posiciones islamistas de Trípoli, mientras que Catar eligió armar y financiar a dichos grupos.