Anteriormente había participado en la Liga de Ascenso de Honduras, pero perdió la categoría y descendió a la Liga Mayor.
Para la Temporada 2010/11, regresa a la Liga de Ascenso al ocupar la plaza que dejó el filial del C. D.
Desciende a la Liga Mayor por segunda vez, luego de quedar último en la tabla acumulada siendo el peor de todos los últimos lugares, lo cual lo relegó al descenso.
El Villanueva Fútbol Club juega sus partidos locales en el Estadio José Adrián Cruz de Villanueva.
Este recinto deportivo cuenta con capacidad para albergar hasta 3.000 espectadores y es la casa del club Villanueva FC.