[4] Desde joven se dedicó al estudio y la lectura, estudiando en las universidades Complutense, de Salamanca y de Valladolid, donde estudió filosofía.
Durante este periodo, el canónigo Nogueira continúa interesándose por la lectura y los libros, reuniendo en su casa una biblioteca considerable, incluyendo libros traídos desde el extranjero, prohibidos en Portugal, concretamente los textos más importantes sobre el hermetismo y la occulta philosophia.
[5] Sería esta biblioteca «prohibida» y denuncias de homosexualidad y pedofilia (por entonces llamadas sodomía o pecado nefando)[6] los que le levarían a ser acusado por la Santa Inquisición.
La Inquisición le incautó su preciosa biblioteca y lo condenó al destierra en 1633, tras largos interrogatorios y detalladas confesiones.
En sus cartas, escritas a ambos, enviaba informaciones sobre la política europea recogidas entre la Curia Romana y los palacios cardenalicios, importantes para las negociaciones relacionadas con el reconocimiento de la independencia lusitana (que ocurriría tras la firma del tratado de paz con España en 1668) y con la tentativa de una alianza con los franceses contra España, misión de la que estaba encargado el Marqués y en la que no tendría éxito.