Tras desempeñar varios puestos internos del partido y ejercer algunos trabajos fuera de la política, ha sido diputado en la Duma Estatal por Rusia Unida, partido heredero de Unidad, desde 2011, habiendo sido diputado por tanto en las legislaturas I, VI, VII y VIII.

Su madre, Svetlana Viacheslavovna Mólotova (1929–1989) era historiadora licenciada e hija única de Viacheslav Mólotov y Polina Zhemchúzhina, ambos doctores en historiografía y prominentes políticos soviéticos de la primera etapa.

Se especializó en el Departamento de Historia Moderna y Contemporánea.

Entre 1990 y 1991 llegó a trabajar como asesor en la oficina presidencial de Gorbachov.

También en ese año hizo un gran acercamiento al partido Nuestro Hogar – Rusia, puesto que simpatizaba con muchos de sus impulsores.

Desde 2011, ha sido diputado de la Duma Estatal por Rusia Unida, tras haber estado afiliado a Unidad, miembro del Comité de Presupuesto e Impuestos en las legislaturas VI, VII y VIII.

Tras pasar unos días matizando sus palabras y pidiendo disculpas veladas tras el aluvión de internautas kazajos que dejaban numerosos mensajes en sus redes sociales.

Tras esto, el ministerio de exteriores kazajo exigió explicaciones al embajador ruso, Alekséi Borodavkin, y la polémica se zanjó con declaraciones protocolarias.

Como académico, Nikonov tiene publicados cerca de 900 trabajos entre artículos, investigaciones, libros, conferencias y demás obras recopilatorias.