Malaféyev empezó su carrera futbolística en las categorías inferiores del Zenit de San Petersburgo.
En 1999 pasa a formar parte de la primera plantilla del club.
Debido a esto perdió la titularidad en el Zenit en favor de su compañero Kamil Čontofalský.
Tras dicho torneo, anunció su retiro de la Selección Rusa para pasar más tiempo con sus hijos.
[2][3] En 2012 se casaría nuevamente con Ekaterina Malafeeva, para más tarde divorciarse a fines de 2021.