Desde su puesto fundó los Archivos Internacionales de la Hidatidosis e impulsó la organización del Instituto Nacional de Hidatidosis en el seno del Ministerio de Salud Pública uruguayo.

Pérez Fontana agregó al tradicional enfoque quirúrgico y terapéutico de la enfermedad la generación de políticas destinadas a educar a la población, para lo que publicó numerosos trabajos entre los cuales, específicamente dirigido a la niñez, se destacó el libro Cachito y Rigoleto que escrito en colaboración con el periodista Antonio Soto fue difundido a partir de 1940 en todas las escuelas públicas primarias del país.

[1]​ El 21 de septiembre de 1941, se efectuaba en Colonia del Sacramento una reunión internacional que reunía a especialistas en la materia (médicos, veterinarios y maestros).

Sería el inicio de la Asociación Internacional de Hidatidología, de la que años después Pérez Fontana sería designado Presidente Vitalicio.

[1]​ Lleva el nombre de «Técnica de Velarde Pérez Fontana» un procedimiento de «ablación íntegra del parásito con el componente reaccional del huésped».