No obstante, la fabricación del hidrógeno sí es generalmente contaminante, salvo que se trate de hidrógeno verde (que se produce utilizando solo energías renovables).Algunos ejemplos notables son el Toyota Mirai, el Hyundai Nexo y el Honda FCX Clarity.Mientras dicha combustión libera energía al combinar hidrógeno y oxígeno para formar agua, la electrólisis se encarga de proporcionar esa misma cantidad de energía para volver a separarlos.Esto hace que el balance energético sea igual a cero, o sea, que si se gasta energía del alternador (la cual se obtiene del motor y, por ende, del combustible) para producir la electrólisis y luego el agua molecular obtenida combustiona dentro del motor, la energía desarrollada por el motor sería equivalente a la que se consumió mediante la electrólisis.[4] Empresas como Boeing, Lange Aviación y el Centro Aeroespacial Alemán usan el hidrógeno como combustible para los aviones.
El Toyota Mirai 2015 es uno de los primeros vehículos de pila de combustible de hidrógeno que se vende comercialmente.