[1]​ Los varanópidos ya mostraban algunas características avanzadas de los pelicosaurios verdaderos tales como los cráneos altos, estrechos y elongados.

En 2010, fue redescrito por Robert R. Reisz, Michel Laurin y Marjanović; su análisis filogenético encontró que era un sinápsido varanópido basal.

El cladograma que sigue se basa en el análisis de Reisz, Laurin y Marjanović, 2010.

Archaeovenator Apsisaurus Mesenosaurus Mycterosaurus Varanopinae Tanto Basicranodon como Ruthiromia, dos géneros escasamente conocidos, fueron asignados de manera tentativa a Varanopidae por Reisz (1986), pero esto no se ha seguido en los estudios más recientes.

Protorothyris archeri Caseasauria Ianthodon schultzei Edaphosauridae Sphenacodontia Archaeothyris florensis Varanosaurus acutirostris Ophiacodon spp.