Junto con la doncella guerrera demoníaca Cham y su hermana Valna, Yuko debe evitar que Glames destruya ambos mundos.
La versión TurboGrafx-CD presenta escenas animadas, similares a las introducidas inicialmente en Valis II.
Contra este enemigo común, Yuko Asou encuentra ayuda en sus nuevas novias, una doncella guerrera del Mundo Oscuro llamada Cham (ちゃむ, Chamu) (interpretada por Yūko Mita), quien creció dentro de Vecanti y se hizo fuerte en los caminos de la magia.
Una visita al gobernante de Vecanti, Nizetti (にぜち, Nizeti), desata todo el potencial de la espada, que culmina en una batalla culminante entre las tres chicas y Glames, así como el antagonista que regresa del primer juego, Rogmes (interpretado por Koji Totani).
La guerrera Valis los derrota a ambos, y por su servicio diligente e inquebrantable, a Yuko se le permite dejar de ser guardiana y convertirse en una diosa en Vecanti, dejando atrás la Tierra para siempre.
Fue creado por la mayoría de los mismos miembros del personal que trabajaron en la entrada anterior, con Masami Hanari y Fumiyuki Moriyama retomando sus roles como director y productor respectivamente, mientras que el animador Osamu Nabeshima regresó como uno de los artistas del juego.
Debido a que se lanzó en CD-ROM, el equipo pudo incluir escenas animadas en el juego como lo habían hecho antes con Valis II.
La conversión de Génesis fue coprogramada por Yoshiki "UAI" Yamauchi y Masayasu Yamamoto, quienes tuvieron una participación previa en la serie desde Valis: The Fantasm Soldier.
Valis III se incluyó como parte de la compilación Valis: The Fantasm Soldier Complete para Microsoft Windows, publicada por Telenet en 2004 con una edición limitada de 2000 copias, que venía con un CD extra y una figura.