Se puso en marcha hacia la capital y en Jalapa alguien le informó que radicaba en México un caballero italiano llamado Lorenzo Boturini, quien había girado esquelas para coronar públicamente a Nuestra Señora de Guadalupe con una corona de oro, pidiendo ayuda a los obispos.
A Fuenclara le causó extrañeza todo eso y llegado a México, donde hizo su entrada solemne el día 3 de noviembre, ordenó se hiciera una investigación, abriéndole causa a Boturini con cargos que parecen por demás superficiales.
Se le redujo a prisión, le recogieron valiosísimos documentos, códices y mucho que tenía escrito sobre las antiguas culturas, que todo se perdió.
En cuanto zarpo a la mar fue asaltada por el pirata inglés George Anson que se apoderó de todos los valores de la embarcación.
Conforme a su deseo, se le enterró en la madrileña iglesia de Montserrat.