Sus funciones principales son: la enseñanza, la investigación, la difusión de la cultura y la promoción del desarrollo.
En el año de 1999 inició la construcción de la universidad, inaugurándose formalmente en 2006 en presencia del gobernador Ulises Ruiz Ortiz y del rector, Dr. Modesto Seara Vázquez, ofertando las carreras de Ingeniería en Agroindustrias, Ingeniería en Alimentos y Licenciatura en Informática.
En años posteriores surgieron las carreras de Ingeniería en Farmacobiología, Licenciatura en Química Clínica y Licenciatura en Nutrición.
[1] El lema Praeterítum Noscere, Posterum Molior (escrito en Latín), Kitsela bindava xi sa chjitse (en Cuicateco) se encuentra dentro del escudo de la universidad y significa «Conociendo el pasado, construyendo el futuro» La UNCA oferta seis carreras a nivel licenciatura.
[2] La UNCA cuenta con cuatro laboratorios y un taller.