La Universidad de Franeker (activa entre 1585–1811) era una universidad situada en Franeker, en la provincia de Frisia, parte de la actual Holanda.
También conocida como Academiæ Franekerensis o «Universidad de Friesland», era escala de los colonos puritanos, como Peter Stuyvesant, que escapaban de las persecuciones del obispo Laud, en su camino a América.
También René Descartes estudió en esta universidad entre 1628 y 1630.
La universidad estaba constituida por los departamentos de Teología, Leyes, Medicina, Filosofía, Matemáticas y Física.
En sus inicios la universidad tenía una excelente reputación y prestigio, atrayendo estudiantes de lejanas tierras, pero a partir de 1700 empezó su declive.