El congreso, que se celebra cada año, expresa la voluntad asociativa y fija las líneas generales de su actividad.
El Secretariado Permanente es el órgano de gobierno y administración de la asociación y está integrado por siete miembros elegidos en el Congreso cada dos años, así como por los vocales del Consejo Fiscal elegidos a propuesta de esta asociación, que tienen voz pero no voto.
En la actualidad y desde octubre de 2021 la presidenta es Inés Herreros.
La Unión Progresista de Fiscales pertenece junto a otras asociaciones de magistrados y fiscales europeos, entre los que se encuentra la española JpD (Jueces para la Democracia), a la asociación MEDEL (Magistrados Europeos por la Democracia y las Libertades).
La Unión Progresista de Fiscales otorga su premio anual Jesús Vicente Chamorro al reconocimiento a personas o asociaciones por su trabajo en materia de derechos humanos.