La UPIBI se fundó en 1987, por el entonces director del Instituto Politécnico Nacional: El Dr. Raúl Talan Ramírez; empezando actividades el primer semestres en la Escuela Superior de Ingeniería Química e Industrias Extractivas (ESIQIE), perteneciente también al Instituto Politécnico Nacional.
El cuarto director de la Unidad fue el Dr. Enrique Duran Paramo, siendo su gestión del 2003-2010.
Cuando concluyó su periodo, se le ofreció ser Director de Posgrado en el Área Central del Instituto Politécnico Nacional.
La sexta directora de la UPIBI fue la M. en C. Yessica María Domínguez Galicia, siendo su gestión del 2013-2016.
María Guadalupe Ramírez Sotelo, tuvo dos periodos como directora, actualmente la Dra.