Fue creada el 6 de abril del año 2011 mediante Decreto Supremo N°0839.

Dichos recursos económicos son transferidos por la UE-FNSE directamente al Ministerio de Salud y Deportes de Bolivia, quién operativiza y procede el pago a los beneficiarios de este bono.

[1]​ La Unidad Ejecutora del Fondo Nacional de Solidaridad y Equidad se organiza principalmente en un director general ejecutivo y cuatro responsables de unidad, de la siguiente manera:[3]​ El director general ejecutivo es la "Máxima Autoridad Ejecutiva" (MAE) de la Unidad.

Bajo su mando directo se encuentra su secretaria y su comunicador.

Así mismo, en cuanto a la jerarquía, el director o la directora general ejecutivo (a) se encuentra por encima de los 4 responsables de unidad.