Al comenzar la temporada 2021/2022, ha conseguido volver a competir tras varios años de ausencia en el fútbol federado.
La Unión Deportiva Gomera fue fundada el 13 de mayo de 1979, cuando un grupo de aficionados al fútbol perteneciente al CF Leones y CD Junonia, liderados por la figura de Indalecio Darias Herrera, tomaron la iniciativa de que si la isla quería tener una representación digna a nivel provincial desde el punto de vista deportivo, había que replantearse la situación y aunar en un solo club los recursos humanos con los que en ese momento se contaba a nivel insular,que eran de muy buena calidad, y fundar un solo club que representará como tal en el exterior con el apoyo de todos y cada uno de sus ciudadanos.En ese momento es cuando se funda la UD Gomera.
El equipo ha militado cinco temporadas en Tercera División (contando con la presente).
La primera vez logró el ascenso en la temporada 87/88 al vencer al Silense 1-3, el 3 de julio de 1988.El segundo ascenso llegaría en la campaña 92/93 al vencer en San Sebastián 3-1 a La Pared.
El tercero ha llegado tras vencer al Gáldar en una eliminatoria a doble partido.