En 1972 fue arrestada por la policía y juzgada por numerosos cargos relacionados con su actividad terrorista, entre ellos decenas de asesinatos.

En 1958 publicó junto con otro estudiante de Münster un panfleto periódico centrado en la lucha contra el arma atómica, denominado Das Argument.

En 1957 se integró en el ilegal Partido Comunista de Alemania (Kommunistische Partei Deustchlands, KPD), aunque abandonó su militancia cuando éste fue refundado con la denominación de Partido Comunista Alemán (Deustche Kommunistische Partei, DKP), en 1968.

Ella escribió muchos de los ensayos y manifiestos que la banda produjo, enunciando el concepto de guerrilla urbana, utilizado para combatir lo que llamó la explotación del hombre común y el imperialismo del sistema capitalista.

Algunos han cuestionado fuertemente el papel que tuvo Meinhof en la dirección de la RAF, considerándolo exagerado por la prensa, y aluden a que el rol atribuido tradicionalmente a Meinhof fue en realidad representado por Gudrun Ennslin.

Durante esta época, en sus escritos solía utilizar los pseudónimos de "Anna" y "Ranna".

[3]​ Junto a ella fueron detenidos otros líderes de la RAF como Baader, Ensslin y Jan-Carl Raspe.

[6]​ Dos horas más tarde, la autopsia oficial fue realizada por el profesor Rauschke junto con Hans Joachim Mallach en el hospital general de Stuttgart, desde las 11:45 hasta las 12:45.

En 1977 hizo (sin permiso) máscaras mortuorias de Andreas Baader, Gudrun Ensslin y Jan-Carl Raspe.

Para entonces habían sido retirados numerosos órganos vitales y partes de tejido.

Algunas pruebas no pudieron ser llevadas a cabo ya que habían pasado las horas clave.

Janssen concluía que la causa más probable de la muerte había sido por suicidio, si bien para llegar a una conclusión definitiva insistió en poder acceder al informe de la primera autopsia, lo que nunca le fue permitido.

Esta comisión intentó acceder al informe de la primera autopsia, aunque las autoridades alemanas se negaron nuevamente.

Bernhard Bogerts, psiquiatra de la Universidad de Magdeburgo, desató polémica al declarar pseudocientíficamente que la operación que Meinhof sufrió en 1962 para tratar un tumor «había contribuido a convertirla en una terrorista».