Es usualmente referido, especialmente en citas antiguas, como Aldrovandus, y en italiano también es Aldroandi.

En 1549 fue acusado de herejía por sus relaciones con el anabaptista Camillo Renato y encarcelado en Roma durante 18 meses, durante ese tiempo se interesó por la botánica, la zoología y la geología.

Durante este tiempo organizó numerosas expediciones para recoger plantas para su herbario.

En 1554, comenzó a enseñar lógica y filosofía en la Universidad de Bolonia, y, en 1561, se convirtió en el primer profesor de historia natural.

Por petición suya y bajo su dirección, se creó el Jardín Botánico de Bolonia en 1568.