Fue fundada en 1987 por el Parlamento de Navarra[3]​ y su actividad docente comenzó en 1989.

En 1993 se elige al que será el primer rector Pedro Burillo López.

En 2006 comienzan las titulaciones oficiales en Tudela, al año siguiente sé inaugura la residencia universitarias Los Abedules, y en 2008 se abre el campus de Tudela.

En 2011 sé crea el Campus Iberus, un campus de excelencia internacional, junto a otras universidades del valle del Ebro.

Las instalaciones del Campus de Tudela entraron en funcionamiento en el curso 2008-2009.

Actualmente hay en marcha un proceso para construir un edificio nuevo, que estaría terminado para el año 2025.

Actualmente las instalaciones son utilizadas principalmente por clubes federados ajenos, torneos o campeonatos también externos, o por las personas que sean parte de la universidad para su uso libre o para el Torneo Universidad Pública de Navarra que se celebra dos veces al año (otoño y primavera) en las modalidades deportivas de: * Deportes colectivos: Fútbol Sala Femenino y Masculino, Fútbol y Baloncesto 3x3 Femenino y Masculino y Voleibol.

[14]​[15]​[16]​[17]​[18]​ Desde el año 2012 organiza un concurso denominado Tesis en 3 Minutos para alumnos de doctorado, y otro denominado En 3 Minutos para alumnos de grado y máster.