La Universidad Autónoma de Santo Domingo tiene convenios vigentes con universidades en los 5 continentes, mediante los cuales se establece intercambio profesoral, estudiantil, becas y se promueve la investigación conjunta.Sin embargo, y aún en caso de no existir la Sanción General en 1538 (aun cuando sí existió, solo fue oficializada 28 años más tarde por un comité revisor de documentos antiguos, común en un contexto histórico en el cual los anales históricos tardaban décadas en ponerse al día.En aquellos días no existía una ley escrita definida que requiriese un sello virreinal para poder poner en ejecución una bula papal.[14] Existen por otro lado controversias en torno a su legitimidad en el Imperio español y su continuidad histórica como Universidad Santo Tomás de Aquino.Esto último resulta de relevancia, debido a que muchas universidades americanas fueron cerradas durante las guerras de independencia o, con posterioridad, debido a conflictos internos.[15] San Marcos recurre, además, al Archivo General de Indias, que contiene documentos del período colonial español entre el siglo XVI hasta el siglo XVIII, donde no existen documentos oficiales anteriores a 1551 que reconozcan a una universidad o institución de educación superior anterior a la UNMSM.[15] En el año 1801 como consecuencia de la ocupación haitiana al país, la Universidad interrumpió su funcionamiento, porque los Dominicos que la regenteaban abandonaron la colonia.La Universidad vuelve a cerrar sus puertas en 1822 debido a que gran número de sus estudiantes fueron reclutados para el Servicio Militar por orden del régimen haitiano que gobernaba la nación.El Instituto Profesional tuvo su local en la Casa del Sacramento y en la Casa de los Presidentes en la Zona Colonial de Santo Domingo hasta 1947 que se trasladó a la Ciudad Universitaria gracias a las iniciativas del rector Julio Ortega Frier.[17] Del 1916 hasta el 1924, la Universidad tuvo que interrumpir su funcionamiento como consecuencia de la intervención militar Norteamericana.A partir de ese momento comenzó a debatirse por alcanzar el equilibrio institucional y un clima de convivencia que le permitiera desarrollar todas sus facultades creadoras.Se ubica en este nivel las salas especializadas y los espacios destinados a la investigación.
