La ciudad se encuentra situada a 930 metros de altura y está dominada por Gäbris, una cadena de montañas local perteneciente a los Alpes suizos.Trogen se turnaba junto con Hundwil en la función de capital cantonal hasta que una asamblea popular decidió que la capital fuera de facto Herisau y que el poder judicial y de policía se quedaran en Trogen.Durante el siglo XVIII, la familia Zellweger instauró la industria textil en la comuna.En 1821 la misma familia ayudó a fundar la Kantonsschule (escuela cantonal), que aún se encuentra en Trogen.La comuna es conocida porque en ella se encuentra el Centro Pestalozzi para la infancia que fue construido en la década de 1940.
