La mayoría de las especies del género Trichoderma no tienen un periodo sexual, únicamente producen esporas asexuales.

Su taxonomía se ha basado tradicionalmente en las diferencias morfológicas, inicialmente en los órganos de esporulación asexual, pero ahora se están utilizando más estudios moleculares, debido a los cuales, el taxón ha pasado de nueve a más de treinta y tres especies.

Varios factores genéticos asexuales, tal como la recombinación parasexual, mutación y otros procesos que contribuyen a la variación.

Existe una gran diversidad en el genotipo y fenotipo de las cepas silvestres.

Esto, junto con un estricto control de la variación a través de la deriva genética, permite que estas cepas comerciales sean genéticamente distintas y no variables.

Induction of defense responses in cucumber plants (Cucumis sativus L.) by the biocontrol agent Trichoderma harzianum.