El servicio de trenes de esa línea se hacía entre las estaciones del Norte y Mogi das Cruzes, constituyendo lo que actualmente es la línea 11-Coral.

El servicio entró en operación en 1934 y hoy conforma en su totalidad la línea 12-zafiro.

En 1957, los ferrocarriles federales se unificaron en una única empresa estatal, la Rede Ferroviária Federal (RFFSA), que incluía la Estrada de Ferro Central do Brasil y la Estrada de Ferro Santos-Jundiaí (que sustituyó a la São Paulo Railway al expirar su concesión en 1946).

Años más tarde, con el objetivo de acortar la distancia entre la capital paulista y la ciudad de Santos, se inauguró en 1957 el Ramal Jurubatuba, que conectaba la Línea Troncal EFS con la Línea Mairinque-Santos, entre las estaciones Imperatriz Leopoldina y Evangelista de Souza (posteriormente acortada hasta Varginha), tramo que hoy corresponde a la Línea 9-Esmeralda.

Al mismo tiempo, los trenes de cercanías gestionados por la RFFSA recibieron modestas inversiones.

En 1972, durante las discusiones sobre el proyecto de la Línea Este-Oeste del Metro de São Paulo, la CMSP propuso transferir la Línea Este y convertirla en metro, pero la propuesta fue rechazada por la RFFSA[3]​.

El control efectivo de las líneas pertenecientes a la CBTU sólo tuvo lugar en 1994.

Las líneas también cambiaron de nombre, sustituyendo las regiones por letras y colores.

Sin embargo, el tramo fue entregado al Metro de São Paulo en 2001 a cambio del Expresso Leste, construido por la CMSP.

Con el traspaso se iniciaron las obras de la Línea 5 del Metro de São Paulo, que sustituyó al proyecto anterior y entró en operación en el 2002.

A cada línea se le asignó un número (empezando por el número 7, que se suma a las otras seis líneas de Metro ya en funcionamiento, en construcción o en proyecto) y el nombre de una piedra preciosa.

[12]​ En diciembre de 2013 comenzaron las obras del ramal Guarulhos, rebautizado como Línea 13-Jade.