La ubicación del edificio dio nombre al Proyecto Manhattan, que durante la Segunda Guerra Mundial desarrolló la bomba atómica, y cuya primera sede se encontraba en el piso 18.
El Cuerpo debía coordinar toda la construcción militar de los Estados Unidos en el noreste, así como en toda Europa, y brindó apoyo administrativo para el proyecto.
El nombre propuesto inicialmente fue "Laboratorio para el Desarrollo de Materiales Sustitutos".
Temiendo que el nombre atrajera una atención indebida, el líder militar del proyecto, el general Leslie Groves, lo cambió a "Manhattan Engineer District", que finalmente se redujo a Manhattan Project.
La entrada al espacio de oficinas está en 86 Chambers Street, y hay dos entradas residenciales: en Broadway para los condominios y en Chambers Street para los apartamentos de alquiler.