[1][16][17] Los primeros y segundos de cada zona clasificaron a la segunda fase, la cual estuvo dividida en dos zonas de cuatro equipos cada una, las cuales se resolvieron bajo el mismo formato que la primera fase.
El partido entre Tucumán Rugby Club y Universitario de Mar del Plata no se disputó ya que el equipo tucumano había reclamado tanto el transporte por vía aérea (establecido al comienzo del torneo) y, en caso de no darse, no recibir sanciones por ausentarse, tal como había sido el caso del equipo marplatense en la primera fase.
[24][25][26] La UAR decidió dar el partido por perdido a los tucumanos y otorgar los cuatro puntos a los marplatenses, argumentando que el cambio del reglamento ya había sido acordado con los clubes.
Los cuatro equipos clasificados 4.° en la primera fase se enfrentaron a eliminación directa para definir al último posicionado en el torneo y el intercambio de plazas para la próxima temporada.
Taragüy de Corrientes cayó 57-27 en la final, por lo que su región de origen, el Torneo Regional NEA, perdió su cupo para el Torneo del Interior A 2004.