En la fase de grupos, los 32 equipos participantes se dividen en ocho grupos de cuatro equipos cada uno.
Se juega un solo partido, donde el equipo que resulte ganador avanzará directamente a los octavos de final.
Si algún partido de estas fases termina empatado luego de los noventa minutos de tiempo de juego reglamentario, se define al ganador mediante tiros desde el punto penal con excepción del partido de la final, en el que se juega un tiempo extra consistente en dos periodos de 15 minutos, luego del cual y si el empate continúa, se procede con los tiros desde el punto penal para determinar al campeón.
El sorteo se realizó el día 8 de junio en el Cine Teatro Catamarca, donde se definidrán los cabezas de serie y demás bolilleros.
Torneo Integración 2016Campeón: San Lorenzo de Alem (22° título global)