Por otro lado hubo seis cambios en los equipos que participaron en la competencia respecto al torneo anterior: el Querétaro descendió desde la Primera División, sin embargo esa franquicia fue cedida a Monarcas Morelia para convertirla en su nueva filial, mientras que los queretanos pasaron a ocupar la plaza que pertenecía a su entonces segundo equipo, el Celaya.

Otros tres equipos tuvieron cambio de nombre y/o sede: Tigres Mochis se movió a la ciudad de Reynosa donde pasó a llamarse Tigres B; Académicos cambió su ubicación de Zapotlanejo a Tonalá; mientras que Pegaso Real Colima pasó a denominarse Real Colima al ser adquirido en su totalidad por empresarios locales apoyados por el Gobierno del Estado.

En la fase de calificación participaron 24 clubes de la Primera División A profesional jugando todos contra todos durante las 17 jornadas respectivas, a un solo partido.

Tras la fase de reclasificación los equipos clasificados a cuartos de final por el título serán 8; estos se ordenarán según su posición general en la tabla, si alguno más bajo eliminara a uno más alto, los equipos se recorrerán según su lugar obtenido.

En este torneo el club que ganara el título obtiene su derecho de ser necesario el juego de ascenso a Primera División Profesional; para que tal juego se pueda efectuar deberá haber un ganador distinto en el Torneo Apertura 2006, en caso de que el campeón vigente lograra ganar dicho campeonato, ascenderá automáticamente sin necesidad de jugar esta serie.