A continuación, entró en el gobierno municipal como secretario de Defensa del Pueblo (en croata: Sekretar Narodne obrane), donde ejerció un poder considerable en la policía local y en los negocios, preparándose para la inminente guerra que se avecinaba.
Una década más tarde, cinco miembros de su unidad, Munib Suljic, Igor Mikola, Rimac Siniša, Bajramović Miro y Saric Branko, fueron acusados de varios cargos criminales relacionados con el llamado caso "Pakracka Poljana" asociados con el asesinato de prisioneros, en su mayoría serbios, en un campo cerca de Pakrac, siendo condenados.
[4][5] Tomislav se Merčep no fue procesado en estas actuaciones.
En el año 2000 se presentó como candidato del HPS en las elecciones presidenciales, donde obtuvo el 0,85% de los votos.
[9][10] En la misma semana, la Fiscalía del condado de Zagreb presentó cargos contra Merčep y fue arrestado.