La palabra Tlapacoyan según lo señala Fray Alonso de Molina significa en lengua náhuatl, “lugar donde se lava”; “Tlapaco” es voz impersonal del verbo Tlapa (lavar) y “Yan” expresa el lugar donde se ejecuta la acción del verbo, hay otra interpretación del significado de la palabra Tlapacoyan que respeta el significado en lengua náhuatl pero dándole una interpretación filosófica cosmogonica de los originales que sembraron el nombre a Tlapacoyan, y la interpretación es la siguiente Tlapacoyan, como dije respetando el significado en lengua náhuatl significa lugar donde se lava, cosmogónicamente lugar donde se purifica el hombre utilizando el verbo lavar en el sentido de purificación o sea lugar donde se purifica el espíritu del hombre, esta definición fue sacada de la interpretación del glifo que nos remite a 1472, fecha en que el pueblo Mexica domina al pueblo Totonaca asentado en esta región del totonacapan "Tlapacoyan" en el glifo aparece una mano IZQUIERDA que simboliza al dios que mando al pueblo mexica a dominar a los totonacas y el dios es huitzilopoztli también denominado el colibrí IZQUIERDO esto justifica la mano izquierda que aparece en el glifo de Tlapacoyan como símbolo de dominio, el lienzo blanco y negro que simboliza las grecas escalonadas que aparecen en el teocalli de Vega de la Peña y que simbolizan el lienzo blanco y negro que significa la greca que en sus dos presentaciones blanco y negro refiere al sacerdocio mayor o cuerpo material del hombre y la greca negra refiere al sacerdocio menor o cuerpo espiritual del hombre estas dos fuerzas unidas por un círculo representan la perfección conjugando el cuerpo material, el espirutú y la perfección dado que al unir estas dos fuerzas por medio del círculo que significa el principio y el fin lo que no tiene fin la perfección la dualidad, la vida y la muerte y la oportunidad de la resurrección significando la noche como la muerte espiritual del hombre y la oportunidad que ometeotl le da sepultar sus malos actos que realizó en el día que es la vida y por la noche al morir espiritualmente o de Tlapacoyan, es de origen Totonaca, en su área existió una gran ciudad hoy conocida como Vega de la Peña, de la que aún se construyó un imponente centro ceremonial Totonaco conocido como “Cuajilote”.
La dominación Mexica en lo que hoy conocemos como Tlapacoyan, fue relativamente corta de 1472 a 1519.
Al poco tiempo llegaron los de Chilacan (San Pedro Altepepan) y a ellos los colocó en la Cruz Blanca.
Con el tiempo los dos grupos empezaron a tener problemas y el cacique para terminar con las belicosidades se trasladó con su gente al centro del territorio de ambas comunidades.
Así creció el pueblo y en 1610 se cambia el nombre de Santa María Yohualtlacualoyan a Tlapacoyan.
A través del Río Bobos se conducían de Tlapacoyan, Teziutlán y Jalacingo productos como harina, manteca, arroz, maíz, maderas, vainilla, tabaco, carbón y plátano, hasta el puerto de Nautla para transportar mercancías hacia Veracruz.
En 1888 se construye el túnel Totoapan, que surte de agua al municipio.
En 1948 inician las obras del mercado “Eufrosina Camacho de Ávila”, que fue remodelado y ampliado en 1985.