En 1986 fue traspasado al Dynamo de Berlín, el club apoyado por la Stasi, donde ganó dos títulos, en 1987 y en 1988.

Después de dos años en Italia jugando en el Bari, regresó al Hamburgo SV en 1998, jugando las tres últimas temporadas de su carrera, periodo en el que reaparecieron las lesiones.

Después de colgar las botas, pasó al cuerpo técnico del Hamburgo, dirigiendo al equipo reserva desde 2002 hasta ser nombrado entrenador del primer equipo en 2004.

Bundesliga en su primera temporada, ganando la Intertoto,[2]​ llevando al club al tercer puesto de la temporada 2005/06 y accediendo a la Champions League en su segundo curso en el banquillo del Imtech Arena.

Tras la victoria contra el VfL Wolfsburgo, pudo conseguir la permanencia del Borussia en la Bundesliga 2006/07.

[10]​ Abandonó el club al término de la temporada, una vez consumado el descenso a la 2.

[12]​ Doll tiene dos hijas: una con su actual esposa, nacida en Italia, Roberta, la otra con su exesposa ahora casada con otro exfutbolista alemán, Olaf Bodden.