Anteriormente había servido con distinción como oficial del Ejército de los Estados Unidos en las guerras seminolas y mexicano-americanas.

Amigo y protegido del Presidente de los Estados Confederados, Jefferson Davis, fue nombrado comandante del Departamento Trans-Misisipi, pero fracasó en su tarea clave, que era defender el control de la Confederación sobre el Misisipi.

[4]​ Holmes era aparentemente bastante sordo, y casi nunca se percataba de los disparos más potentes.

[2]​ Este ascenso se debió a que Jefferson Davis fue testigo de sus valientes acciones allí.

Sin embargo, su edad y su poco notable historial en la guerra hasta este punto fueron factores en su contra y Lee rápidamente dejó claro que Holmes no volvería al frente tras la reestructuración del ejército posterior a los Siete Días.

En su mayor parte, las fuerzas confederadas en esta remota área eran poco más que una desorganizada multitud de milicianos dispersos por todos los rincones del estado.

La gente no pagaba impuestos ni tenía leyes escritas y se resistía firmemente a cualquier intento de imponerles un gobierno externo o una disciplina militar.

Agravando aún más sus dificultades estaban los múltiples ejércitos de la Unión que convergen en el estado desde todos los lados.

En esta situación, Holmes escribió a Richmond que si por algún milagro podía organizar la milicia de Arkansas en un ejército y hacerlos cruzar el río Misisipi, simplemente desertarían tan pronto como llegaran a la orilla este.

Los intentos de hacer cumplir la conscripción en el ejército confederado encontraron resistencia y muchos lugareños esquivaron el reclutamiento, se convirtieron en guerrilleros o incluso se unieron al ejército de la Unión, lo que provocó que los gobiernos estatales impusieran duras penas contra los evasores del reclutamiento.

Planeó un ataque coordinado junto con Sterling Price, John S. Marmaduke, James Fleming Fagan y el gobernador de Arkansas, Harris Flanagin.

Los soldados que él comandaba en Arkansas ya se habían acostumbrado a llamarlo sarcásticamente "Abuela".

[8]​ Regresó a Carolina del Norte, donde pasó el resto de su vida como granjero.

Holmes murió en Fayetteville, Carolina del Norte, y está enterrado allí en el cementerio de la Iglesia Presbiteriana MacPherson.