Aufrecht nació en Leschnitz (Silesia prusiana, actualmente Leśnica, en Polonia), y fue educado en Berlín, donde se graduó en 1847.
Ese mismo año publicó un tratado sobre el acento en sánscrito (Bonn, 1847).
Con Adalbert Kuhn fundó la Zeitschrift für Vergleichende Sprachforschung (1852).
En 1852 ―a los 30 años de edad― se trasladó a Oxford (Inglaterra) y estudió en la Biblioteca Bodleiana.
A partir de 1935, la Universidad de Madrás comenzó a trabajar en un catálogo actualizado llamado New catalogorum catalogus, una obra que todavía está en desarrollo.