En 1647, Donagh MacCarthy le puso al frente del Ejército irlandés de Munster durante las Guerras Confederadas.
Como militar fue mediocre, no pudiendo evitar el saqueo de Cashel y después caer ante las tropas parlamentaristas en la batalla de Knocknanauss.
Con un anticuado sentido de la caballería, llegó a sugerir al Baron Inchiquin, el general enemigo, que la batalla debería decidirse mediante el enfrentamiento entre 1000 hombres de cada bando.
No obstante, y pese a la aplastante victoria de Inchiquin, ambos generales lucharían en el mismo bando en la Batalla de Arklow dos años después.
Tras la derrota realista, Taaffe partió al exilio junto a Carlos II.