Éxito tuvieron sus dos siguientes álbumes You Guys Kill Me (1998) y Little Lost Soul (2000), terminando con el nombre de The Third Eye Foundation en 2001 con el último álbum I Poo Poo on Your Juju.
Dos años más tarde, en 2003 nacería el primer álbum en el que Matt Elliott usaría su propio nombre, sería con The Mess We Made (2002).
En 2005 asentaría el estilo que comenzó con The Mess We Made, en un nuevo álbum titulado Drinking Songs, primero de una trilogía que continuaría con Failing Songs, en el que usa un mayor número de instrumentos acústicos y un mayor uso de voces en canciones con un contenido político y social notorio.
El último disco de la citada trilogía fue Howling Songs, publicado por Ici d'Ailleurs y Acuarela en 2008.
Este álbum, en el que volvió a contar con la ayuda de la violinista Patricia Argüelles (más conocida como Patricia Moon es el primero que grabó en una estudio, y bajo la supervisión del ingeniero de sonido Nicholas Dick.