Sin embargo, después fue aprobada para mayores de 18 años, tras realizar 32 cortes obligatorios al filme.
La película se inicia con los créditos finales de The Human Centipede (First Sequence).
La madre lo lleva al psicólogo, el doctor Sebring (Bill Hutchens), y Martin le confiesa que vive obsesionado con un ciempiés de 12 personas.
A su vez, el doctor Sebring relaciona este hecho con los reiterados abusos sexuales que sufrió por parte de su padre, el cual se encuentra en prisión (esta sospecha queda confirmada cuando Martin recuerda a su padre —cuya voz es interpretada por Tom Six— violándolo).
Esto provoca la reacción violenta del vecino, quien decide entrar al departamento de Martin.
En un momento dado, se muestra al protagonista masturbándose, con un papel de lija envuelto alrededor de su pene (el psicólogo había advertido a la madre que las personas que sufrieron abusos sexuales tendían a infligirse autocastigos en el miembro sexual).
Cuando su madre lo descubre y destruye su libro, Martin le destroza el cráneo con una barra de metal, la cual también usa durante para reducir a sus víctimas.
Martin, en ese momento, decide recrear el experimento que vio retratado en The Human Centipede (First Sequence).
Al poseer un pequeño presupuesto similar a la primera película para el rodaje, el director aseguró que la secuela abordaría un aspecto mucho más gráfico y perturbador; así, dijo que First Sequence era «My Little Pony comparada con la segunda parte».