Habiendo contribuido con el arte del álbum Amputechture, Jeff Jordan fue contratado otra vez para que realizara las ilustraciones del álbum, creando 11 pinturas originales que coincidían con el tema de The Bedlam in Goliath, así también añadiendo una pieza de su propia galería.
Mientras la banda continuaba interactuando con "The Soothsayer", extrañas coincidencias empezaron a aparecer durante el proceso de grabación de The Bedlam in Goliath: El entonces baterista Blake Flemming deja la banda a mitad del tour por problemas económicos; Bixler-Zavala es operado del pie debido a una herida que le provocan los zapatos que usa, forzándolo a reaprender cómo caminar; pistas de audio que esporádica y literalmente desaparecían de las pantallas; el estudio casero de Rodríguez-López se inunda después de sufrir diversos problemas eléctricos y el ingeniero original del álbum sufre un colapso nervioso, dejando todo el trabajo previo inconcluso y hecho un desastre.
Rodríguez-López trabajó con Rich Costey para finalizar el álbum en un lapso de tres semanas, asistido por Shawn Michael Sullivan y Claudius Mittendorfer como editores.
Al finalizar, la banda se decidió por Wax Simulacra como el primer sencillo del álbum, como lo declará Bixler-Zavala: Bixler-Zavala incorporó referencias y nombres en las letras de las canciones que fueron tomadas de los mensajes que obtenían del tablero, incluyendo también fragmentos de poemas que venían junto con él, describiendo un triángulo amoroso entre una mujer, su hija y un hombre.
Cuatro webisodios fueron lanzados en la página oficial de The Mars Volta, mostrando a la banda en varias situaciones.
Desarrollado por Leffler Web Design, el juego es descrito como un "point 'n' click" de horror/sobrenatural.