Los filiales y sus respectivos primeros equipos no pueden competir en la misma categoría; por ello, si un equipo desciende a Segunda Federación y su filial queda primero o gana los playoff de ascenso a esta categoría, deberá quedarse obligatoriamente en Tercera Federación.
Del mismo modo, un filial que se haya clasificado para la fase de ascenso a Segunda Federación no puede disputarla si el primer equipo milita en dicha categoría.
La Tercera Federación 2021-22 fue disputada por los siguientes equipos: • Deportivo Aragón • U. D. Barbastro • C. D. Belchite 97 • U. D. Biescas • C. D. Binéfar • S. D. Borja • C. F. Calamocha • C. D. Cariñena Monte Ducay • C. D. Caspe • C. D. Cuarte • A. D. C. F. Épila • C. D. Giner Torrero • C. F. Illueca • C. F. Atlético de Monzón • C. D. Robres • C. F. Santa Anastasia • Utebo F. C.
La Tercera Federación 2022-23 fue disputada por los siguientes equipos: • A. D. Almudévar • U. D. Barbastro • C. D. Binéfar • C. F. Calamocha • C. D. Cariñena Monte Ducay • C. D. Caspe • C. D. Cuarte • S. D. Ejea • A. D. C. F. Épila • S. D. Huesca "B" • C. F. Illueca • C. D. La Almunia • C. F. Atlético de Monzón • C. D. Robres • C. D. J. Tamarite • C. D. Utrillas
La Tercera Federación 2023-24 fue disputada por los siguientes equipos: • A. D. Almudévar • C. F. Atlético de Monzón • C. D. Belchite 97 • C. D. Binéfar • S. D. Borja • C. F. Calamocha • C. D. Cariñena Monte Ducay • C. D. Caspe • C. D. Cuarte • C. D. Ebro • S. D. Ejea • A. D. C. F. Épila • U. D. Fraga • C. D. Fuentes • S. D. Huesca "B" • C. F. Illueca • C. D. J. Tamarite • C. D. Utrillas