La capital de la provincia Indonesia, Jayapura está situada en la bahía.
Desde el comienzo del siglo XX, tanto la bahía como la ciudad han cambiado varias veces de nombre.
El nombre actual fue dado en recuerdo del amiral indonesio Yos Sudarso que murió en la batalla naval del mar de Arafura entre los holandeses e Indonesia, en 1962.
En la Segunda Guerra Mundial, la bahía Yos Sudarso, entonces conocida como bahía Humboldt y Jayapura como Hollandia, fue ocupada por los japoneses en abril de 1942.
Sirvió como cuartel general del general Douglas MacArthur en la conquista de las Filipinas en marzo de 1945.