Desde 1910 hasta 1962 la ciudad fue conocida como Hollandia y era la capital de un distrito del mismo nombre, al nordeste de Nueva Guinea Occidental.
La parte norte de la Nueva Guinea Holandesa estaba ocupada por las fuerzas del Imperio Japonés en 1942.
El área sirvió como cuartél para el General Douglas MacArthur que conquistó Filipinas en marzo de 1945.
Sobre veinte bases norteamericanas se establecieron y medio millón de estadounidenses llegaron al área.
La ciudad fue renombrada, por un breve tiempo, como Sukarnopura, por el presidente Sukarno, hasta el final del año 1968, cuando adquirió su nombre actual.